Madrasah Tsanawiyah Negeri Tuban adalah merupakan Peleburan dari PGAN 4 tahun Tuban pada tahun 1978, yang menempati gedung SPIAIN Tuban, Jl. P. Diponegoro No. 04 Tuban (sekarang Jl. P. Diponegoro No. 06 Tuban). Kemudian pada tahun tersebut dilakukan perubahan status dari PGAN 4 tahun menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri Tuban, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI No. 16 tahun 1978, tanggal 16 Maret 1978 hingga sekarang. Tahun ini MTsN 1 tuban telah berusia 42 tahun.
Sejak tahun 1978 sampai dengan sekarang telah mengalami pergantian jabatan Kepala Madrasah, yaitu :
- Drs. H. Saifullah, tahun 1978 sampai 1983.
- Endro Soeprapto, BA, tahun 1983 sampai 1989.
- Drs. Setiadjid, tahun 1989 sampai 1990.
- Drs. H. Abu Asj’ari, tahun 1990 sampai 1996.
- Dra. Hj. Salma, tahun 1996 sampai 2003.
- Dra. Hj. Ghonimah HR, MP.dI, tahun 2003 sampai 2014
- Qomaruddin, S.Ag, tahun 2014 sampai 2018
- Drs. Tasmo, S.Pd tahun 2018 – 2021
- H. Ali Maghfur, S.Ag, M.Pd.I
Kemudian mulai Tahun 2017 berdasarkan kebijakan dari Kementerian Agama Republik Indonesia nama madrasah berubah menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Tuban. Demikian sekilas sejarah singkat keberadaan MTs Negeri Tuban, yang menjadi kebangaan masyarakat Tuban sampai sekarang